على العلويين والتضييق عليهم فأثر حركة زيد شدد الأمويون ضغطهم على العلويين، وعقب ظهور النفس الزكية صب العباسيون جام غضبهم عليهم. 2 - الخلاف بين العلويين أنفسهم: فقد انقسموا على أنفسهم بين موافق للسلطات ومخالف قائم بالسيف ومستقل يعمل بالتقية. وهذا الاختلاف إضافة إلى كونه سببا لتضعيفهم أمام أعدائهم، فقد تسبب في أن يلحق بعضهم الضرر بالآخر سواء بالسعاية أو بالاضطهاد عندما تسنح الفرص وتسمح القوة. ففي البحار: أنه لما دعا محمد بن عبد الله لنفسه واستوثق الناس لبيعته شاور عيسى بن زيد وكان من ثقاته، وكان على شرطته فشاوره في البعثة إلى وجوه قومه فقال له عيسى بن زيد: إن دعوتهم دعاء يسيرا لم يجيبوك أو تغلظ عليهم، فخلني وإياهم فقال له محمد: امض إلى من أردت منهم فقال: ابعث إلى رئيسهم وكبيرهم - يعني أبا عبد الله جعفر بن محمد الصادق (ع) - فإنك إذا غلظت عليه علموا جميعا أنك ستمرهم على الطريق التي أمررت عليها أبا عبد الله (ع). قال فوالله ما لبثنا أن أوتي بأبي عبد الله (ع) حتى أوقف بين يديه فقال له عيسى بن زيد: أسلم تسلم، فقال له أبو عبد الله أحدثت نبوة بعد محمد (ص)؟ فقال له محمد: لا ولكن بايع تأمن على نفسك ومالك وولدك ولا تكلفني حربا. فقال له أبو عبد الله ما في حرب ولا قتال ولقد تقدمت إلى أبيك وحذرته الذي حاق به ولكن لا ينفع حذر من قدر، يا بن أخي عليك بالشباب ودع عنك الشيوخ. فقال له محمد:
ما أقرب ما بيني وبينك في السن.. إلى أن قال له: لا والله لا بد أن تبايع