ميرزا در مدت اقامت در كربلا (متاسفانه مدت آن دقيقا معلوم نيست) به رتبه‌اى از علم و دانش رسيد كه به دريافت " اجازه " از دست استاد عظيم المنزله‌اى مانند بهبهانى كه هنوز هم از شهرت جهانى برخوردار است، نائل گرديد و به موطن خويش يعنى لرستان برگشت و در همان روستاى دره باغ از منطقه چاپلق ساكن گرديد. پس از زمانى به روستاى ديگر در همان منطقه بنام " قلعه بابو " كوچ مىكند. گويا ميرزا از اين دو روستا و مدتى كه در آنها به سر برده خاطرات تلخى داشته است. حتى شايع شده است كه ماجراى " مار " - كشيدن شكل مار - ميان ميرزا و شخص عوامفريبى در يكى از همان روستاها رخ داده است!
ميرزا از قلعه بابو به اصفهان مهاجرت مىكند و در مدرسه " كاسه گران " به تدريس مىپردازد. ظاهرا از شرايط آنجا راضى بوده خصوصا از اين جهت كه در يك مركز علمى و درسى حضور داشته است. ليكن باز دست روزگار راحتش نمىگذارد، يكى از علماى مريدباز و رياست طلب نسبت به او حسادت مىورزد و موجبات اذيت و آزارش را فراهم مىكند. و همينگونه مسايل و حوادث است كه افرادى مانند محقق قمى را به شدت به سوى روستاها مىراند و روزگار از اين گونه شلاق‌ها بر پيكر مردان بزرگ، بسيار دارد.
ميرزا از اصفهان به شيراز مىرود، در پايتخت وكيل الرعايا و مريد كتاب " شرايع " نيز به ميرزا خوش نمىگذرد روح آزاده ميرزا او را در سازگارى با هر محيطى ناتوان مىكرده است. ظاهرا بيش از دو يا سه سال در شيراز نمىماند على رغم شهرت كريم خان زند به نيكوكارى و علم و دانش دوستى، توجهى به اين دانشمند بزرگ نمىشود. باز هم بار سفر مىبندد. شيخ عبد المحسن (يا پسرش موسم به شيخ مفيد) مبلغ هفتاد تومان به ميرزا كمك مىكند. پولى كه هم به زندگى ميرزا سر و سامان مىدهد و هم او را براى خريد كتاب به مقدارى كه دلش مىخواست قادر مىنمايد. دانشمند فقير به نوايى مىرسد.
باز مطابق " از دست قيل و قال مردمان ملولم و انزوايم آرزوست " مجددا به روستاى قلعه بابو پناه مىآورد. حوزه علميه كوچكى در آنجا داير مىكند اما اين انزوا گرايى متواضعانه و گريزپايى از مدار رياست و نام و شهرت، با كوله‌بار پر انباشت دانش او سازگار نبود. او گنجى نبود كه هر ويرانه‌اى توان گنجايش او را داشته باشد، گو كه او " در سرورى نكوبد و سر درد سر ندارد " ليكن چنين حالتى در همه و دست كم در اكثر نوابغ