العالم الفقيه الفاضل والعلم الوجيه الكامل: كان رحمة الله أعجوبة عصره وعلامة مصره يرع في الفنون العقلية والنقلية واجتهد في القواعد الأصولية والفروع الفقهية حتى جمع شرائط الإمامة وصار قدوة للخاصة والعامة بحيث قد أقر له فقهاء الزمان بالتقدم والفضل على جميع الأقران إلى أن قال قده:
وبالجملة فقد كان صدرا رئيسا وسيدا نقريسا وعالما كبيرا ومجتهدا بصيرا شاع ذكره العالي في الديار واشتهر السامي في الأقطار انتهى.
وقال: سيدنا الأمين حشره الله مع أجداده الطاهرين في الجزء السادس عشر من المجلد السابع عشر من أعيان الشيعة ص 78 طبع دمشق سنة 1359: بعد ذكر اسمه الشريف: كان عالما فاضلا كاملا رئيسا وفي بعض مؤلفات أهل العصر كان عالما فاضلا فقيها أصوليا الخ فقد أذخ بذكر مشايخه في القراءة والرواية وبيان مؤلفاته ثم قال ومن شعره الموجود في آخر المجالس النظامية قوله:
وإني جعفر المعروف ذكرا * سليل الخمس من آل العبا على والدي وبه انتسابي * إلى جدي الزكي طباطبائي وقال أيضا وله شعر طبع بعضه في آخر المجالس النظامية مع تقريظه له فلاحظ.
وقال صاحب نجوم السماء في ج 2 ص 215 منه ما هذا نصه:
الميرزا جعفر بن علي نقي حجة الإسلام الطباطبائي الحائري وى از خانواده علم وفضل بوده جليل القدر عظيم المنزلة فاضل وعالم