بإلحاح من آية الله الشيخ عبد الكريم الحائري البقاء والسكنى في قم وتأسيس الحوزة العلمية المباركة فيها، وبعد اصرارهم وما كان من استخارته وقد كانت الآية الشريفة * (وأتوني بأهلكم أجمعين) * وافق على البقاء، وتأسست بواسطة تلك المساعي الحميدة الحوزة العلمية في قم (1).
هجرته العلمية إلى النجف الأشرف:
وكانت النجف عاصمة العلم الشيعي من يوم هجرة شيخ الطائفة ورئيسها الشيخ محمد بن الحسن الطوسي 385 - 460 ه‍. ق إلى هذه المدينة المقدسة بعد حوادث سنة 449 ه‍. وذكر ابن الأثير في تاريخه في حوادث هذه السنة أن (فيها نهبت دار أبي جعفر الطوسي بالكرخ، وهو فقيه الامامية، وأخذ ما فيها، وكان قد فارقها إلى المشهد الغربي) (2).
وقال ابن حجر العسقلاني نقلا عن ابن النجار انه (أحرقت كتبه... واستتر هو ... مات بمشهد علي...) (3).
وذكر ابن كثير انه (أحرقت داره بالكرخ وكتبه سنة ثمان وأربعين...) (4).
وعن بداية هذه الجامعة العلمية الكبرى تحدث المؤرخ الكبير المرحوم العلامة الشيخ آغا بزرگ الطهراني فقال: (ولما رأى الشيخ الخطر محدقا به هاجر بنفسه إلى النجف الأشرف، لائذا بجوار مولانا أمير المؤمنين (عليه السلام)، وصيرها مركزا للعلم، واخذت تشد إليها الرحال، وتعلق بها الآمال، وأصبحت مهوى رجال العلم، ومهوى أفئدتهم، وقام فيها صرح الاسلام، وكان الفضل في ذلك لشيخ الطائفة..) (5).
نعم كانت النجف (مأوى للعلماء، وناديا للمعارف قبل هجرة الشيخ إليها،