وبعض يقول إن الخيارات شرح على قواعد العلامة فلتراجع 2 حاشية على رسالة والده بغية الطالب بعمل المقلدين وفي عصره اشتهر صاحب الجواهر حتى صار يعد نظيرا له ولكنه لم يفقه ويقال انه لما كان أمر التقليد مرددا بينهما اجتمع جماعة لتعيين الأفضل منهما فرجحوه على صاحب الجواهر فسال صاحب الجواهر بعضهم قائلا: ما فعلت سقيفة بني ساعدة فاجابه قدموا عليا فاستقل الشيخ محمد حسن بالتدريس من ذلك اليوم حتى انتهت إليه الرياسة وكانه إلى ذلك يشير الشيخ عبد الحسين آل محيي الدين في أبياته اللامية الهائية وذكرت في ترجمة الشيخ محمد ابن الشيخ علي ابن الشيخ جعفر وينقل عنه انه كان يطوف ليلا على الأرامل واليتامى ويدفع لهم صرر الدراهم ولا يخبرهم بنفسه تأسيا بأئمته الاطهار وكان اخوه الشيخ موسى بني أساس المسجد الذي بجنب مقبرتهم ثم توفي قبل اتمامه فأتمه هو وكان يقيم فيه الجماعة.
ورد إلى كربلاء لبعض الفتن التي وقعت في النجف مع أخيه الشيخ موسى فأكب عليهما الفضلاء من أهل العلم وكانت كربلاء يومئذ هي محط الطلبة فيها ألف فاضل من علماء إيران يحضرون دروس شريف العلماء فحضر بعضهم درس الشيخين فاستحسنوا فقههما ومكانا يدرسان الفقه لا غير ثم عاد المترجم بعد ستة أشهر مع أخيه الشيخ موسى إلى النجف وفي تلك السنة توفي شريف العلماء فورد النجف ألف طالب من طلبة كربلاء وسكنوا النجف حبا بدرس المترجم وأخيه الشيخ موسى ثم توفي الشيخ موسى فاستقل الشيخ علي بالتدريس ومنها صارت النجف مرجعا لأهل العلم من إيران وقبلها كربلاء ولم يكن في النجف طلبة من إيران.
شعره له من قصيدة:
قل للمليحة من بنات الصيد * قولا يذوب له حشا الجلمود لم لم ترقي في الهوى لمتيم * هل بين جانحتيك قلب حديد أمرضت جثماني عليك صبابة * وكحلت جفن العين بالتسهيد ما غردت فوق الغصون حمامة * الا وهمت إليك بالغريد كم أدمع لي صوبتها زفرة * عن حر قلب ذاب بالتصعيد ومفند لي في هواك سفاهة * قد ضل نهج الحق بالتفنيد لو كان يبصر بعض ما أبصرته * القى الزمام إلي بالتقليد يا بنت من يروى حديث فخاره * عن خير آباء له وجدود كم ساق للعشاق خلفك موكب * والحسن تحت لوائك المعقود ما زلت في بحر الكابة طافحا * حتى استوى بي فوق متن الجودي وله في أمير المؤمنين:
أ حاجك برق في دجى الليل لامع * نعم واستخفتك الربوع البلاقع هجرت الحمى لا انني قد سلوته * فكيف ولي قلب إليه ينازع ولكنني جانبت قوما كأنني * لآنافهم مهما يروني جادع سأشكوهم والعين يسفح ماؤها * وطير الجوى بين الجوانح واقع إلى من إذا ما قيل من نفس احمد * أشارت إليه بالأكف الأصابع وروح هدى في جسم نور يمده * شعاع من النور الإلهي ساطع يريك الندى في الباس والباس في * التقى صفات لاضاد المعالي جوامع أقول لقوم أخروك سفاهة * وللذكر نص فيك ليس يدافع ألا أنما التوحيد لولا علومه * لما كشفت للناس عند البراقع وله يرثي الحسين ع:
سهام المنايا للأنام قواصد * وليس لها الا النفوس مصائد أنأمل ان يصفو لنا العيش والردئ * له سائق لم يلو عنا وقائد ألم تر انا كل يوم إلى الثرى * نشيع مولودا مضى عنه والد وحسبك بالاشراف من آل هاشم * فقد اقفرت أبياتهم والمعاهد وقفت بها مستنشقا لعبيرها * ودمعي مسكوب وقلبي واجد مهابط وحي طامسات رسومها * معاهد ذكر أوحشت ومساجد وعهدي بها للوفد كعبة قاصد * فذا صادر عنها وذلك وارد وأين الالى لا يستضام نزيلهم * إليهم والا ليس تلقى المقالد ذوو الجبهات المستنيرات في العلى * تقاصر عنها المشتري وعطارد سما بهم في العز جد ووالد * ومجد طريف في الأنام وتالد وما قصبات السبق الا لماجد * نمته إلى العليا كرام أماجد وأعظم احداث الزمان بلية * بكتها الصخور الصم وهي جلامد وفي القلب أشجان وفي الصدر غلة * إذا رمت ابرادا لها تتزايد أ يمسي حسين في الطفوف مؤرقا * وطرفي ريان من النوم راقد ويمسي صريعا بالعراء على الثرى * وتوضع لي فوق الحشايا الوسائد فلا عذب الماء المعين لشارب * وقد منعت ظلما عليه الموارد ولم ير مكثور أبيدت حماته * وعز مواسيه وقل المساعد بأربط جاشا منه في حومة الوغى * وقد أسلمته للمنون الشدائد همام يرد الجيش وهو كتائب * بسطوته يوم الوغى وهو واحد وله يرثي الحسين:
مررت بكربلاء فهاج وجدي * مصارع فتية غر كرام حماة لا يضام لهم نزيل * أماجد برئوا من كل ذام أسائل ربعها عن ساكنيه * ولاة العز والرتب السوامي ومثل لي الحسين بها غريبا * عنائي للغريب المستضام تكاد النفس ان ذكرته يوما * تفر من الحياة إلى الحمام يحامي عن حقيقته وحيدا * بنفسي ذلك البطل المحامي بعين للعدي ترنو واخرى * بها يرنو إلى نحو الخيام سعى للحرب يهتز ارتياحا * ونار الحرب موقدة الضرام تقارعه الهموم فيلتقيها * بقلب مثل حامله همام إلى أن خر فوق الترب ملقى * على الرمضاء عز له المحامي ولم أر مثل يومك والسبايا * على الأقتاب تهدى للشئام ولم أر مثل رزئك ليس ينسى * على الأيام عاما بعد عام هو الرزء الذي ابتدع الرزايا * وقال لا عين الأعداء نامي أ لا يا كربلاء كم فيك بدر * علاه الخسف من بعد التمام وكم من آل احمد من أبي * قضى ظما ولج الماء طامي فهذا موثق عان وهذا * عليل لا يفيق من السقام وذاك مجرع كأس المنايا * بضرب السيف أو رشق السهام وأفئدة العقائل من معد * لها خفقان أجنحة الحمام الا من مبلغ عني قريشا * لدى البطحاء والبلد الحرام لأنتم أطول الثقلين باعا * وأبعد موطنا عن كل ذام