فسعى السيد أبو بكر المذكور في اخماد تلك الحرب حتى تم الصلح على يده وبجده ونفوذه وكفى الله شرها ثم حدثت حوادث يقصد بها مضايقته فاختار هجر تلك البلاد فارتحل عنها عام 1302 كما أشار إلى تلك الأحوال في بعض أشعاره وتصانيفه وبعد مفارقته وطنه طاف في بلاد كثيرة منها عدن ولحج والحجاز مكة المكرمة والمدينة المنورة ثم زار القطر المصري فالشام والقدس ثم الآستانة ولقي من أمراء وعلماء تلك الأقطار كل اجلال وإعظام كما قال في بعض قصائده:
فسنام اي الأرض أذهب منزل ولي الندامى الغر من أمجادها وواجه سلطان الترك بالاستانة وقلده الوسام المجيدي المرصع وأهدى له سيفا وأحبه كثير من أهل النفوذ والفضل ثم ذهب إلى الشرق واختار الإقامة في حيدرآباد دكهن بالهند وانتفع به كثير ممن هناك وكان الملجأ لحل المشكلات العلمية، وتولى التدريس في مدرستها النظامية وصحح عددا مما طبع من الكتب النافعة الدينية، وقد طالت اقامته بحيدر آباد وتأهل بها ورزق أولادا وتردد من الهند إلى جاوة وما قاربها ثم في عام 1331 عاد المترجم له من الهند إلى وطنه وصحب معه جميع ولده وذلك بعد غيبته عنها نحو ثلاثين سنة لم يغب فيها عن وطنه بره ومعروفه وخدمته فقوبل بها مقابلة لم نعلم أن أحدا قوبل بمثلها حتى ولا سلاطينها وكان يوم دخوله تريم يوم عيد عظيم نشرت فيه الرايات وأطلقت المدافع وأقيمت المواكب والحفلات على رغم منه لشدة نفرته من ذلك ثم عاد إلى الهند عام 1334 لقطع علائقه منها للرجوع إلى تريم للإقامة بها ولكن عاقته المقادير حتى انتقل إلى رحمة الله تعالى اه وقد بلغنا انه لاقي من النواصب في سبيل نشر فضائل أجداده أهل البيت الطاهر والدعوة إلى سلوك طريقتهم أذى كثيرا اضطره إلى الهجرة عنهم وترك وطنه.
مشائخه قال جامع ديوانه: تلقى فنون العلم عن والده وأخيه الأكبر العالم العابد والفقيه الورع الزاهد السيد عمر الملقب بالمحضار. وعن كثير من كبار العلماء بلغ عددهم نحو المائة أكثرهم من أهل حضرموت فمن أخذ عنهم من أهل تريم العلامة الصالح السيد محمد بن إبراهيم بلفقيه العلوي والسيد البقية حسن بن حسين الحداد العلوي والسيد العلامة التقي الورع علي بن عبد الله بن شهاب العلوي والحبر السيد حامد بن عمر بافرج العلوي وغيرهم ممن في طبقتهم وهم كثير يطول تعدادهم ومن أهل سيون الأستاذ المحقق السيد المحسن بن علوي السقاف العلوي ومن في طبقته ومن أهل وادي دوعن العلامة الصوفي السيد أحمد بن محمد المحضار العلوي والمحقق الشيخ محمد بن عبد الله باسودان الكندي وغيرهم اه وقوم مر في سيرته انه أخذ بمكة عن السيد أحمد بن زيني دحلان.
تلاميذه له تلاميذ كثيرون أجلهم وأعلمهم وأشهرهم السيد محمد بن عقيل صاحب النصائح الكافية وغيرها.
مؤلفاته له مؤلفات في الأصلين والفقه والهندسة والحساب والمنطق والطبيعيات والبديع والأنساب والأسانيد وغيرها قال جامع ديوانه المعروف لنا منها نحو الثلاثين أكثرها لم يطبع اه من جملتها 1 الحمية من مضار الرقية رد على الرقية الشافية التي هي رد على النصائح الكافية مطبوع 2 رسالة ضرب الذلة على جريدة النحلة 3 ذريعة الناهض إلى علم الفرائض منظومة 4 أرجوزة في آداب النساء 5 رشفة الصادي في فضائل أهل البيت طبع بمصر 6 العقود 7 الترياق النافع بايضاح وتكميل جمع الجوامع مطبوع 8 الفتوحات 9 الاسعاف 10 النظام 11 نوافح الورد جوري 12 الورد القطيف 13 الذريعة ولعلها هي ذريعة الناهض المتقدمة 14 التحفة 15 الكشف 16 الشبهات 17 التنوير 18 رفع الخبط في مسائل الضغط 19 التذكير 20 نزهة الألباب في رياض الأنساب 21 ديوان شعره وهو مطبوع وقد حذف منه شئ كثير.
أشعاره ننتخب منها من ديوانه المطبوع قال يرثي أمير المؤمنين علي بن أبي طالب ع في 21 رمضان سنة 1306 من قصيدة:
فاه على صنو النبي وصهره * وثانيه أيام التحنث في حرا وأعلم أهل الأرض بعد ابن عمه * وأعظمهم جودا ومجدا ومفخرا عليك سلام الله يا من بهديه * تبلجت الأنوار والحق أسفرا ويا ليتنا في يوم صفين والذي * يليه شهدنا كي نفوز ونظفرا ونشرب بالكاس الذي تشربونه * فاما وأما أو نموت فنعذرا فلا زلت مهما عشت أبكي عليكم * وأنظم درا من ثناكم وجوهرا وله من قصيدة أسماها النبأ اليقين في مدح أمير المؤمنين الإمام علي ع عدد أبياتها كعدد اسم الممدوح قالها في أواخر شوال سنة 1330:
علي أخي المختار ناصر دينه * وملته يعسوبها وإمامها واعلم أهل الدين بعد ابن عمه * باحكامه من حلها وحرامها وأوسعهم حلما وأعظمهم تقى * وأزهدهم في جاهها وحطامها وأولهم وهو الصبي إجابة * إلى دعوة الاسلام حال قيامها فكل امرئ من سابقي أمة الهدى * وان جل قدرا مقتد بغلامها أبي الحسن الكرار في كل ماقط * مبدد شوس الشرك نقاف هامها فتى سمته سمت النبي وما انتقى * مواخاته الا لعظم مقامها فدت نفسه نفس الرسول بليلة * سرى المصطفى مستخفيا في ظلامها سقى عتبة كأس الحتوف ورجع * الوليد ابنه بالسيف مر زؤامها وفي أحد أبلى تجاه ابن عمه * وفل صفوف الكفر بعد التئامها بعزم سماوي ونفس تعودت * مساورة الأبطال قبل احتلامها أذاق الردى فيها ابن عثمان طلحة * أمير لواء الشرك غرب حسامها وعمر بن ود يوم أقحم طرفه * مدى هوة لم يخش عقبى ارتطامها دنا ثم نادى القوم هل من مبارز * ومن لسبتي عامر وهمامها تحدى كماة المسلمين فلم تجب * كان الكماة استغرقت في منامها فناجزه من لا يروع حنانه * إذا اشتبت الهيجاء لفح ضرامها وعاجله من ذي الفقار بضربة * بها آذنت أنفاسه بانصرامها وكم غيرها مين غمة كان عضبه * مبدد غماها وجالي قتامها به في حنين أيد الله حزبه * وقد روعت أركانه بانهدامها