وسمي مشهد زين العابدين لأن يزيد بن معاوية سجن به زين العابدين عليه السلام حين قدم أسيرا مع أهله إليه (1).
أهمل هذا المشهد مدة طويلة واستولى عليه الخراب، كما اتخذه بعض الناس ملجأ، ودام ذلك إلى عام 668 / ه‍ حيث جدده الملك الظاهر وطرد من كانوا يتخذونه ملجأ إلا واحدا منهم رأى فيه الصلاح والعبادة (2).
بقي هذا المشهد، يسمى مشهد زين العابدين عليه السلام، إلى شهر محرم من العام 971 / ه‍ فصار يدعى بمشهد المحيا، عندما أقام به عبد القادر محمد بن سوار العاتكي، شيخ المحيا بدمشق، المحيا بأمر من الشيخ أحمد الغازي الذي قال له: اعمل المحيا في الجامع الأموي بالمشهد المعروف بزين العابدين فامتثل الشيخ عبد القادر وقوى قلبه به (3).
حاول ناصر الدين بن عبد السلام ناظر الجامع الأموي محاكاة مشهد علي زين العابدين عليه السلام فجدد مشهد عثمان وأضاف إليه مقصورة الخدام من شماليه وجعل له إماما وراتبا وفتحه يوم السبت حادي عشر شوال سنة 698 / ه‍ (4).
أم بمشهد زين العابدين عليه السلام ودرس به عدد كبير من العلماء والأئمة والمدرسين عرفنا منهم:
1 - عبد الرحمن بن أحمد بن الحسين، أبو محمد النيسابوري الواعظ الذي قدم دمشق حاجا في سنة 459 / ه‍ بمشهد زين العابدين عليه السلام (5).