وصل الباحث إلى هذه المرحلة فهذا يعني أنه مستعد لرد نصوص القرآن الكريم التي تثبت هذا.
فهم النفس إذن فنحن بحاجة إلى فهم نفوسنا وفهم الآخرين والعدل في الحكم والإنصاف في الطرح، بحاجة إلى التفسير الصحيح للمواقف سواء موقف المؤرخ أو العالم أو الشخصية المترجمة، هذا التفسير المتوازن بين المادي وغيره، بين الوحي والعقل وما عند الآخرين من أبحاث وعلوم وفوائد، وليس هناك فصل بين الوحي، والعقل فالوحي أمر بالتفكر والبحث والنظر وفتح الأبواب المعينة على ذلك وفسر لنا ما لا نستطيع تفسيره من خلال الماديات.
أسباب الاختلاف والعلاج المطلوب قبل أن نعالج حالة من الحالات لا بد من معرفة أسبابها، والحالات تختلف، حتى في الأمراض فالسرطان غير الزكام، قد نهتم بعلاج الأول ونترك للثاني فسحة من الوقت دون علاج بل ولا اهتمام، فكذلك الأمور العلمية هناك أمور كثيرة قابلة للاجتهاد وتتجاذبها الأدلة إضافة إلى أن نتائجها يسيرة في جميع الحالات.
إذن فأسباب الاختلاف مرحلة سابقة على مرحلة علاج هذا الاختلاف وكل اختلاف في الدنيا مرده إلى عدة أسباب رئيسة منها: