ذكر منها مسالة حل الخراج كما هو المشهور فان الشيخ علي صنف في حله رسالة سماها قاطعة اللجاج في حل الخراج فصنف الشيخ إبراهيم في حرمته رسالة سماها السراج الوهاج لدفع لجاج قاطعة اللجاج واقتفى اثره في هذه المسألة المحقق الأردبيلي رحمه الله في شرح الارشاد وقد حققنا المسألة في كتاب المتاجر من كتاب الحدائق الناضرة وفق الله تعالى لاتمامه. وصنف رسالة في عدم مشروعية الجمعة في زمان الغيبة مطلقا ردا على الشيخ علي في رسالته التي ألفها في وجوبها بشرط الفقيه الجامع للشرائط وصنف رسالة في القول بالمنزلة في الرضاع ردا على الشيخ علي في رسالته التي الفها في بطلان القول بالتنزيل وفي الجميع ما أصاب ولا وفق للصواب وقد حققنا جميع ذلك بما لا مزيد عليه في كتاب الحدائق الناضرة ورسالة كشف القناع.
وقال المجلسي في البحار على ما حكي عنه: كان معاصرا للمحقق الثاني نور الدين علي بن عبد العالي الكركي وكانت بينهما مناظرات وكتب القطيفي عدة رسائل في الرد على الكركي وأطال لسانه في حق الكركي وليس من رجاله حتى نسبه إلى الجهل وعدم العدالة وقدح فيه بقبول جوائز الملوك وكانا معا في النجف الأشرف الغروي فاتفق ان الشاه طهماسب الصفوي ارسل جائزة للقطيفي فردها معتذرا بعدم الحاجة فقال له الكركي أخطأت في ردها وارتكبت اما حراما أو مكروها بتركك التأسي بالامام الحسن السبط في قبوله جوائز معاوية مع أنك لست أعلى مرتبة من الامام ولا السلطان أسوأ حالا من معاوية فاجابه بجواب اقناعي وقد أشار القطيفي إلى هذه الحادثة في رسالة الخراج وخطا الكركي في قبوله جائزة الشاه انتهى وفي رياض العلماء كثرت المعارضات بينه وبين الشيخ علي الكركي في المسائل حتى أن أكثر الايرادات التي اوردها الشيخ علي في رسائله في الرضاع والخراج وغيرهما رد عليه فيها وقد ألف في كل موضوع ألف فيه الشيخ علي للرد عليه ثم ذكر من جملة ذلك الرسالة الخراجية ورسالة عدم مشروعية صلاة الجمعة في زمن عدم وجود السلطان العادل على نحو ما مر عن اللؤلؤة قال وقد سمعنا من المشايخ أنه كان رحمه الله بمشهد الحسين أو المشهد الغروي على مشرفه أفضل الصلاة والسلام ثم ذكر قصة الجائزة التي أرسلها الشاه على نحو ما مر عن المجلسي ثم قال ما ملخصه: وأنا أقول إن كليهما طودا الحلم وعلما العلم ولا يليق بمثلي ان يحاكم بينهما لكن يتراءى من كلام المحقق الثاني آثار المغالطة أولا لأن أخذ الحسن ع جوائز معاوية استيفاء لبعض حقوقه ويبطل التأسي لأنه فيما لم يعلم فيه جهة اختصاص ثانيا أنه للتقية والضرورة ولا ضرورة لذلك للشيخ ثالثا قوله تعالى ولا تركنوا إلى الذين ظلموا فتمسكم النار قال المؤلف بعد ما اعترف بأنه ليس له أهلية المحاكمة بينهما حاكم بينهما ولم يصب في حكمه وكان الأولى به أن يبقى على اعترافه الأول قوله إن الحسن ع اخذ بعض حقوقه فالمحقق الكركي هو نائب الامام له أن يأخذ ما اخذه. قوله إنه للتقية والضرورة فالحسن ع لم يكن يتقي من معاوية في مثل ذلك بل كان يصارحه بما هو أعظم مع أن كونه للضرورة يناقض انه أخذ بعض حقه ومن ذلك يعلم أنه ليس ركونا إلى الذين ظلموا. وحكى في الرياض عن شيخه المجلسي انه سمع منه أن الشيخ إبراهيم لم يكن له كثير فضل ولا له رتبة المعارضة مع الشيخ علي الكركي وانه سمع منه ما يدل على القدح في فضله بل في تدينه قال وذكر لي أنه رأى مجموعة بخط الشيخ إبراهيم ذكر فيها افتراءات على الشيخ علي وقال أين فضله من فضل الشيخ علي وعلمه وتبحره انتهى وفي اللؤلؤة وقعت بيدي رسالة من رسائله سماها بالرسالة الحائرية في تحقيق المسألة السفرية قد ذكر في صدر الرسالة المذكورة ما اتفق له مع الشيخ علي في سفره معه للمشهد المقدس الرضوي اجمالا من المسائل التي نسبه فيها إلى الخطا منها أن العشرة القاطعة لكثرة السفر يشترط فيها التتالي أم لا فنسب إلى الأول والى الشيخ علي الثاني وفي هذه المسألة صنف الرسالة المشار إليها ومنها انه نقل عنه انه لو لم يجد ساترا إلا جلد الكلب وعليه في نزعه خوف يسقط فرض أداء الصلاة قال فبالغته في ذلك فابى الا الاصرار على ما قاله مع أن الذي وصل إلينا معرفته أن الصلاة لا تسقط بفقد الساتر ولا بفقد صفته الواجبة في حال الاختيار باجماع وهو مصرح به في كلام الأصحاب. قال فأعرضت عنه وحملته على الغفلة وعدم المطالعة ومنها قال مسالة أخرى مجملها انه حكم باستحباب الوضوء على من اغتسل غسل الجنابة قال وبالغته في ذلك وقلت له أن المجدد لا يستحب الا مع سبق وضوء قبله فقال في غسل الجنابة وضوء ضمنا فقلت ان أردت كفايته عن الوضوء فلا وضوء ضمنا وإن أردت غير ذلك فبينه فابى إلا ما ذكره فأعرضت عنه ثم ذكر انه دخل يوما إلى ضريح الرضا ع قال فوجدته هناك فجلست معه فاتفق حضور بقية العلماء الزاهدين وزبدة الفضلاء الراسخين جمال الملة والدين فابتدأ بحضوره معترضا علي لم لم تقبل جائزة الحكام فقلت لأن التعرض لها مكروه فقال بل واجب أو مستحب وطالبته بالدليل فاحتج بفعل الحسن ع مع معاوية وقال إن التأسي أما واجب أو مندوب على اختلاف المذهبين فأجبته عن ذلك واستشهدت بقول الشهيد رحمه الله تعالى في دروسه ترك أخذ ذلك من الظالم أفضل ولا يعارض ذلك أخذ الحسن ع جوائز معاوية لان ذلك من حقوقهم بالأصالة فمنع أولا كون ذلك في الدروس ثم التزمه بالمرجوحية وعاهد الله تعالى هنا أن يقصر كلامه على قصد الاستفادة بالسؤال أو الإفادة بالجواب ولولا كراهة الإطالة لفصلت أكثر ما وقع بيني وبينه ثم فارقته قاصدا إلى المشهد الغروي على أحسن حال فلما وصلت تواترت الاخبار عنه من الثقات وغيرهم بما لا يليق بالذكر فقابلته بالضد فلم أزل إلى أن انتهى الأمر إلى دعواه الأعلمية والأفقهية من غيره فبذلت ما في وسعي في رضاه بالاجتماع للبحث والمذاكرة بجميع أنواع الملاطفة فابى إلى آخر كلامه في الرسالة المذكورة وهو مما يقضي منه العجب العجيب كما لا يخفى على الموفق الأريب ثم ذكر في آخر الرسالة ما صورته: وإذا فرغت من هذه فانا مشتغل بنقض رسالته الخراجية وكشف لبس ما رأيته فيها من المباحث الاقناعية. ثم نقل ما حكاه صاحب الرياض عن شيخه المجلسي ثم قال ومن وقف على ما نقلناه عن الرسالة المتقدمة وما حذفناه مما هو من هذا القبيل أو أشنع عرف صحة ما ذكره شيخنا المذكور ولكن هذه طريقة قد جرى عليها جملة من العلماء من تخطئة بعضهم بعضا في المسائل وربما انجر إلى التجهيل والطعن في العدالة كما وقفت عليه في رسالة للشيخ علي ابن الشيخ محمد ابن الشيخ حسن صاحب حاشية اللمعة في الرد على المولى محمد باقر الخراساني صاحب الكفاية والطعن فيه بما يستقبح نقله وما وقع لشيخنا المفيد والسيد المرتضى في الرد على الصدوق في مسالة جواز السهو على المعصوم من الطعن الموجب للتجهيل وما وقع للمحقق والعلامة في الرد على ابن إدريس والتعريض به ونسبته إلى الجهل ونحو ذلك سامحنا الله وإياهم بعفوه وغفرانه. أقول لا شبهة في تقدم الشيخ علي عليه في العلم والتحقيق والتبحر كما لا شك في أن الشيخ علي أبعد غورا وأصح رأيا وأقوى سياسة في قبوله جائزة الشاه طهماسب