ابن جعفر يا أمير المؤمنين ابعث محمد بن أبي بكر علي مصر واعزل قيسا فقد بلغني أن قيسا يقول إن سلطانا لا يستقيم إلا بقتل مسلمة بن خالد لسلطان سوء.
وكان ابن جعفر أخا محمد بن أبي بكر لأمه فبعث علي محمد بن أبي بكر إلى مصر وقيل بعث الأشتر النخعي فمات بالطريق فبعث محمدا فقدم محمد علي قيس بمصر فقال له قيس ما بال أمير المؤمنين؟ ما غيره؟ أدخل أحد بيني وبينه؟ قال لا وهذا السلطان سلطانك قال لا والله لا أقيم وخرج منها مقبلا إلى المدينة وهو غضبان لعزله فجاءه حسان بن ثابت وكان عثمانيا يشمت به فقال له قتلت عثمان ونزعك علي فبقي عليك الإثم ولم يحسن لك الشكر فقال له قيس يا أعمي القلب والبصر والله لو ألقي بين رهطي ورهطك حربا لضربت عنقك! أخرج عني! ثم أخاف مروان بن الحكم قيسا بالمدينة فخرج منها هو وسهل بن حنيف إلى علي فشهدا معه صفين فكتب معاوية إلى مروان يتغيظ عليه ويقول له لو أمددت عليا بمائة ألف مقاتل لكان أيسر عندي من قيس بن عند في رأيه ومكانه.
فلما قدم قيس علي علي وأخبره الخبر علم أنه كان يقاسي أمورا عظاما من المكايدة وجاءهم خبر قتل محمد بن أبي بكر فعظم محل قيس عنده وأطاعه في الأمر كله، ولما قدم محمد مصر قرأ كتاب علي علي أهل مصر ثم قام فخطب فقال:
الحمد لله الذي هدانا وإياكم لما اختلف فيه من الحق وبصرنا وإياكم