أقام ببغداد نحوا من خمس عشرة سنة ثم رجع إلى الحلة ثم سكن المشهد الشريف برهة ثم عاد في دولة المغول إلى بغداد ولم يزل على قدم في الطاعات والتنزه عن الدنيات إلى أن توفي بكرة الاثنين خامس ذي القعدة من سنة أربع وستين وستمائة، وكان مولده يوم الخميس منتصف المحرم سنة تسع وثمانين وخمسمائة، وكانت مدة ولاية النقابة ثلاث سنين وأحد عشر شهرا.
10 فائدة قد نقلت من خط الشهيد قدس سره: في صورة إجازة (1) السيد النقيب الطاهر رضي الملة والحق والدين علي بن الطاوس للشيخ جمال الدين يوسف بن حاتم بن فوز بن مهند الشامي وهي:
بسم الله الرحمن الرحيم وصلواته على سيدنا محمد النبي وآله الطاهرين إن رأى مولانا وسيدنا فريد عصره ووحيد دهره، السيد الإمام العالم الفاضل الكبير الفقيه الزاهد العابد الزكي الورع، سلالة النبي صلوات الله عليه وآله وسلم رضي الدين حجة الاسلام والمسلمين قدوة العلماء والعارفين، سلف السلف وبقية الخلف زين العترة الطاهرة أبو القاسم علي بن موسى بن جعفر بن محمد بن محمد الطاوس عضد الله الكافة بطول بقائه بمحمد وآله الطاهرين [صلوات الله وسلامه عليه وعليهم أجمعين] أن يجيز لاصغر خدامه وربيب نعمته يوسف بن حاتم بن فوز بن مهند الشامي جميع ما صنفه أو ألفه أو نظمه أو نثره أو اختاره أو حرره أو قرأه أو سمعه أو أجيز له أو كتبه أو كان له طريق إلى روايته أو يكون مما يعد من ساير درايته أو يمكن أن يرويه أحد عن خدمته، فينعم بذلك على ما يليق بفضله وسجاياه.
فكتب ابن طاوس:
بسم الله الرحمن الرحيم وصلواته على سيد المرسلين محمد النبي وآله الطاهرين