وكان من مذهبه جواز إمامة المفضول مع قيام الأفضل، فقال كان علي بن أبي طالب أفضل الصحابة إلا أن الخلافة فوضت إلى أبي بكر لمصلحة رأوها وقاعدة دينية راعوها. وكذلك يجوز أن يكون المفضول إماما والأفضل قائم فيرجع إليه في الأحكام، ويحكم بحكمه في القضايا. ولما سمعت شيعة الكوفة هذه المقالة منه وعرفوا أنه لا يتبرأ عن الشيخين رفضوه، حتى أتى قدره عليه، فسميت رافضة.
وجرت بينه وبين أخيه محمد الباقر مناظرة لا من هذا الوجه، بل من حيث كان يتلمذ لواصل بن عطاء ويقتبس العلم ممن يجوز الخطأ على جده في قتال الناكثين، والقاسطين، ومن يتكلم في القدر على غير ما ذهب إليه أهل البيت، ومن حيث أنه كان يشترط الخروج شرطا في كون الإمام إماما. قال له يوما على قضية مذهبك والدك ليس بإمام، فإنه لم يخرج قط ولا تعرض للخروج.
قال أبو الحسن الأشعري إن الزيدية افترقت ستة فرق:
1 - الجارودية.
2 - سليمانية أصحاب سليمان بن جرير.
3 - البترية أتباع حسن بن صالح بن حي وكثير النواء.
4 - نعيمية أتباع نعيم بن اليمان.
5 - فرقة لم يسمها الأشعري.
6 - اليعقوبية.
قال المسعودي (1): إن الزيدية كانت في عصرهم ثمانية فرق: أولها الفرقة المعروفة بالجارودية وهم أصحاب أبي الجارود زياد بن المنذر العبدي، وذهبوا إلى أن الإمامة مقصورة في ولد الحسن والحسين دون غيرهما ثم الفرقة الثانية المعروفة بالمرئية، ثم الفرقة الثالثة المعروفة بالأبرقية، ثم الفرقة الرابعة المعروفة باليعقوبية